L'Iraklis 1908 FC U19 è il club giovanile della sezione calcistica dell'Iraklis 1908. Milita nel campionato greco di calcio Under 19, ed è l'erede diretto del Diikitirio Iraklis, club calcistico sciolto nel 2017 e riformulato con la denominazione Iraklis 1908 FC nel luglio dello stesso anno. Il settore giovanile dell'Iraklis ha conquistato 8 titoli di campione di Grecia giovanile, 5 titoli di Coppa di Grecia giovanile e 3 titoli di supercoppa giovanile, facendo dell'Iraklis una delle squadre più titolate e blasonate a livello giovanile nella storia del calcio greco.