La nazionale di calcio del Sudan del Sud è la rappresentativa calcistica del Sudan del Sud ed è controllata dalla South Sudan Football Association. È nata nel 2011.
Nel ranking FIFA il miglior posizionamento del Sudan del Sud è il 138º posto dell'ottobre 2015, il peggiore il 201º posto dell'agosto 2013. Dal 20 luglio 2023 occupa la posizione numero 167.
Il giorno successivo all'indipendenza della nazione (9 luglio 2011) fu organizzata una partita di calcio per festeggiare l'evento. Nonostante in un primo momento si fosse ipotizzato un incontro contro il Kenya, gli avversari per la prima partita della neonata nazionale furono i giocatori del Tusker FC, club appartenente alla massima serie keniota. Il match fu giocato al Juba Stadium ed il Sudan del Sud, dopo essere passato in vantaggio con una rete di Khamis Leyano, fu sconfitto per 3-1. Il 3 agosto dello stesso anno la nazionale disputò un'amichevole contro gli ugandesi del Villa Sports Club, pareggiando per 1 a 1.
Il 10 febbraio 2012 il Sudan del Sud divenne membro della CAF, mentre il 25 maggio 2012 divenne il 209° membro della FIFA. Non poté dunque prendere parte alla Coppa d'Africa 2013, né al Campionato delle Nazioni Africane 2014 o al campionato del mondo 2014.
Il 10 luglio 2012 la nazionale giocò la sua prima partita da membro FIFA, pareggiando per 2-2 contro l'Uganda.
Esordì nelle qualificazioni alla Coppa d'Africa in vista dell'edizione del 2015. Proprio nel secondo turno di queste eliminatorie, il 18 maggio 2014, nel match disputato a Maputo contro il Mozambico il Sudan del Sud perse per 5-0, registrando così la sua peggior sconfitta fino ad ora. In precedenza aveva superato il primo turno per il ritiro dell'Eritrea.
Il 5 settembre 2015 il Sudan del Sud ottenne la sua prima vittoria battendo la Guinea Equatoriale per 1-0 con gol di Atak Lual.
Il 28 marzo 2017 vinse per 6-0 a Giuba contro Gibuti in un match di qualificazione alla Coppa d'Africa 2019, rimontando la sconfitta per 2-0 subita all'andata in trasferta.