Il FK Nemunas Prienai è una squadra di calcio lituana con sede a Prienai. Milita nella Pirma lyga, la seconda divisione del campionato lituano di calcio.
Il club fu fondato nel 1992 e inizialmente giocava nella SFL, la terza divisione lituana. Nel 1996 vinse il campionato di SFL e fu promosso in Antra lyga, la seconda divisione. Nel 1997 vinse nuovamente il campionato di Antra lyga e fu promosso in A lyga, la prima divisione lituana.
Il Nemunas Prienai militò in A lyga per tre stagioni, dal 1997 al 1999. Nella stagione 1997-98 si classificò al quinto posto, nella stagione 1998-99 al sesto posto e nella stagione 1999 al settimo posto. Nel 1999 il club retrocesse in Antra lyga.
Negli anni successivi il Nemunas Prienai militò in Antra lyga e in SFL. Nel 2009 vinse nuovamente il campionato di SFL e fu promosso in Antra lyga. Nel 2016 vinse il campionato di Antra lyga e fu promosso in Pirma lyga, la seconda divisione lituana.
Il Nemunas Prienai ha vinto due volte la Coppa di Lituania, nel 1996 e nel 1998.
I colori sociali del Nemunas Prienai sono il verde e il bianco. Il club gioca le partite casalinghe allo stadio di Prienai, che ha una capacità di 1.000 spettatori.
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