L'FM Klaipedos è una squadra di calcio lituana con sede a Klaipėda. Fondata nel 1922, è una delle squadre più antiche del paese.
L'FM Klaipedos ha vinto il campionato lituano per due volte, nel 1923 e nel 1934, e la Coppa di Lituania per quattro volte, nel 1924, 1926, 1929 e 1930.
Dopo l'annessione della Lituania all'Unione Sovietica nel 1940, l'FM Klaipedos venne sciolto e i suoi giocatori costretti a unirsi alla squadra del Baltijos Klaipėda.
L'FM Klaipedos rinasce nel 1991, dopo l'indipendenza della Lituania dall'Unione Sovietica. La squadra viene rifondata e iscritta alla A Lyga, la massima serie del campionato lituano.
L'FM Klaipedos ha partecipato alla Coppa UEFA per due volte, nel 1994-1995 e nel 1998-1999, ma in entrambi i casi viene eliminata al primo turno.
Nella stagione 2019, l'FM Klaipedos ha vinto la 1 Lyga, la seconda serie del campionato lituano, e ha ottenuto la promozione in A Lyga.
I colori sociali dell'FM Klaipedos sono il rosso e il blu. Lo stadio di casa della squadra è lo Stadio Svyturys, che ha una capacità di 5.000 spettatori.